Vingron:
 Überblick:
Was ist algorithmische Bioinformatik?
Datenbanken
Vingron: (Mount: Chapter 8)
Genregulation
Gewichtsmatrizen
Sequenzlogos
Log-odds score
Vingron: Elementare Methoden zur Genvorhersage (prokaryotisch eukaryotisch)
Coding capacity
Vingron: RNA Sekundärstruktur
Strukturelemente
Darstellungsformen
Nussinov Algorithmus
Zuker Algorithmus
MFOLD Programm
Suboptimale Lösungen
Rahmann,
Luz, Vignron: Evolution
Evolutionäre
Markov-Prozesse, Jukes-Cantor-Modell, Distanzschätzung mit
evolutionären Markov-Prozessen
Phylogenie,
Phylogenetische
Bäume
Maximum Parsimony
Fitch-Algorithmus für Maximum Parsimony
Distanzbasierte Methoden: UPGMA Neighbor-Joining Maximum-Likelihood-Baumrekonstruktion
Bootstrap-Werte
Primärsequenzanalyse von Proteinen
Rahmann: Algorithmen zum Sequenzvergleich
Scorematrizen
Globales
Alignment, lokales Alignment, Lineare affine und allgemeine Gap-Kosten
(ausführlicher)
Alignment mit linearem Platzbedarf
Krause: Datenbanksuchmethoden
BLAST,
FASTA
BLAT
Schliep: Hidden-Markov-Modelle
Grundlegende Algorithmen
Datenbanksuche
Profil-HMMs
Rahmann: Alignment-Statistik
Reinert: Physikalische Kartierung
Reinert: Shotgun Sequenzierung, Sequenzassemblierung
Reinert: Sequencing by Hybridization
Reinert: Multiples
Alignment
(fragment-assembly,
genomeMapping,
genomeSequencing,
physical-mapping,
whole_genome_shotgun_sequencing)
Vingron: Motivsuche
Schliep: Genefinding mit HMMs
Steinke: Proteine
Bausteine
Strukturhierarchien
Klassifikation
Strukturvorhersage
Threading
Homology Modeling
Huisinga, Cordes: Proteine
Modellierung
Potentialfunktionen
Dynamik
Docking
numerische Verfahren
Vingron: Clustering
und Klassifikation
Krause: Proteinclustering
Vingron: Analyse von Genexpressionsdaten
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